La cappella del Crocefisso (m. 16,50x7,80), un'opera realizzata completamente in legno scolpito e finemente cesellato e dorato, è sicuramente l'ambiente più prezioso della Chiesa Madre. Il soffitto è a lacunari lignei, unici a Licata, fu completato nel 1705, il bellissimo altare, pure in legno scolpito, con elevazione coperta da un timpano spezzato sostenuto da un insieme aggettante di colonne tortili, appartiene al maestro Giuseppe Di Bernardo che lo realizzò nella prima metà del seicento. I quattro dipinti su tela della navata (cm.380x200) con scene della Passione di Cristo sono del veneziano Giuseppe Cortesi (1721-1737), mentre di Nunzio Magro (? 1627-Agrigento 1704) sono i cinque ritratti su tela (179x128) di personaggi del Vecchio Testamento. Al licatese Giovanni Spina, invece, appartiene il paliotto dell'altare (1810). Nella pregiata custodia dell'altare il Cristo Nero, "miracoloso e colpito dalla sagitte del turco", una volta pendente dall'arco trionfale della navata, che i Licatesi ritengono sia rimasto annerito dal fuoco delle cataste che i Turchi, durante il sacco seguito all'11 luglio 1553, vi accesero sotto per bruciarlo. Ai piedi della navata un'artistica teca custodisce varie reliquie di Santi e rari documenti, tra cui l'atto di battesimo di San Giuseppe Maria Tomasi e Caro, cardinale teatino, compatrono di Licata. Di grande pregio artistico è la teca d'argento contenente la reliquia della Santa Croce, eseguita dall'orafo licatese Tommaso Balsamo nel 1753 per conto del canonico Angelo Alotti che la donò alla Cappella del Crocefisso.